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2020年12月8日，吉林省高级人民法院对中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及同案张磊贪污上诉一案进行二审公开开庭审理并当庭宣判。二审维持松原市中级人民法院（2015）松刑初字第15号刑事判决第一项中对被告人李宁犯贪污罪的定罪部分和第二、第三判项，撤销该判决中对李宁的量刑部分，对上诉人李宁以贪污罪改判有期徒刑十年，并处罚金人民币二百五十万元。
松原市中级人民法院判决认定，自2008年7月至2012年2月，被告人李宁利用所担任的中国农业大学教授、中国农业大学农业生物技术国家重点实验室主任、中国农业大学生物学院李宁课题组负责人以及负责管理多项国家科技重大专项课题经费的职务便利，伙同被告人张磊采取侵吞、虚开发票、虚列劳务支出等手段，贪污课题科研经费共计人民币3410万余元，其中贪污课题组其他成员名下的课题经费人民币2092万余元。上述款项均被李宁、张磊转入李宁个人控制的账户并用于投资李宁等参股、控股的多家公司。原审判决认为，二被告人行为均已构成贪污罪。在共同犯罪中，李宁起主要作用，系主犯。张磊起次要作用，系从犯，有坦白情节，且认罪悔罪，可依法对其减轻处罚。一审法院判决：一、被告人李宁犯贪污罪，判处有期徒刑十二年，并处罚金人民币三百万元。二、被告人张磊犯贪污罪，判处有期徒刑五年八个月，并处罚金人民币二十万元。三、扣押的赃款依法予以没收，上缴国库，不足部分继续追缴。宣判后，李宁提出上诉。
吉林省高级人民法院二审审理期间，上诉人李宁自愿认罪认罚，提交了悔罪书，在其辩护律师见证下签署了《认罪认罚具结书》。二审庭审中，李宁对原审判决认定的事实、证据及判决认定的罪名均无异议，当庭表示认罪、悔罪，上诉请求二审法院根据其认罪态度，依法从轻处罚，并愿意接受法院的判罚。根据李宁的认罪态度，检察机关提出了二审的量刑建议。
休庭后合议庭进行了认真评议，认为原审判决认定上诉人李宁、原审被告人张磊犯贪污罪事实清楚，证据确实、充分，定罪准确。审判程序合法。鉴于李宁二审期间认罪认悔罪，对上诉人李宁的量刑应予改判。根据检察机关提出量刑建议，法庭遂作出上述二审判决。
二审开庭，上诉人李宁的近亲属参加了旁听，同时邀请了全国和吉林省部分人大代表、政协委员以及部分媒体代表和社会群众代表旁听了庭审及宣判。