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2020年2月29日，国家卫健委发布《中国-世界卫生组织新型冠状病毒肺炎(COVID-19)联合考察报告》。报告指出蝙蝠似乎是新冠病毒的宿主，但中间宿主尚未查明，以及无症状感染者的比例尚不明确，但相对较罕见。
联合考察组由来自中国、日本、新加坡、美国等国以及世界卫生组织的25名中外专家组成，于2020年2月16日至24日在华开展考察调研。联合考察组对北京、四川(成都)和湖北(武汉)等省市进行了实地考察和调研。考察地点包括街道、县/区级医院、新冠肺炎定点医院、交通枢纽(航空、铁路、公路)、农贸市场、研究机构、省级卫生健康委和省市级疾控中心等。
根据报告，2019年12月30日，从武汉金银潭医院不明原因肺炎(2002-2003年 SARS暴发之后制定的一种监测定义)患者中采集了3份支气管肺泡灌洗液样本。对样本进行检测后，结果显示冠状病毒核酸阳性。利用Illumina二代测序和nanopore三代测序技术，获得了病毒的全基因组序列。
生物信息学分析表明，新型冠状病毒(nCoV-19)具有冠状病毒家族的典型特征，属于β-冠状病毒。对nCoV-19的全基因组序列和已有的其他β-冠状病毒的全基因组序列进行一致性比对后显示，该病毒与蝙蝠携带的SARS样冠状病毒 RaTG13株全基因组亲缘关系最近，同源性为96%。
考察组流行病学考察结果显示，新冠肺炎病毒是一种动物源性病毒。目前的全基因组基因序列系统进化分析结果显示，蝙蝠似乎是该病毒的宿主，但中间宿主尚未查明。
新冠肺炎的症状是非特异性的，从无症状到重症肺炎和死亡不等。截至2020年 2月20日55924例实验室确诊病例中，典型症状和体征包括发热(87.9%)、干咳(67.7%)、乏 力(38.1%)、咳痰(33.4%)、气短(18.6%)、咽痛(13.9%)、 头痛(13.6%)、肌痛或关节痛(14.8%)、寒战(11.4%)、恶 心或呕吐(5.0%)、鼻塞(4.8%)、腹泻(3.7%)、咯血(0.9%)和结膜充血(0.8%)。
新冠肺炎患者通常在感染后平均5-6天(平均潜伏期 5-6 天，范围1-14天)出现轻度呼吸道症状和发热等症状。多数感染新冠肺炎病毒的患者为轻症并可痊愈。已有无症状感染的报告，但多数在报告时无症状的病例随后会出现症状。真正的无症状感染者的比例尚不明确，但相对较罕见，也不是传播的主要驱动因素。
重症和死亡高危人群为年龄60岁以上，以及患有高血压、糖尿病、慢性呼吸道疾病和癌症等基础性疾病者。儿童病例似乎很少且病情较轻，19岁以下病例约占总报告病例的2.4%。极少数19岁以下病例发展为重症(2.5%)或危重症(0.2%)。
报告中指出，在中国，新冠肺炎的人际传播主要在家庭中发生。新冠肺炎在无防护下通过飞沫和密切接触在感染者和被感染者之间发生传播。尚无新冠肺炎空气传播的报告，且根据现有证据，也不认为空气传播是主要传播方式。但在医疗机构中或可存在因医疗操作产生气溶胶而发生空气传播的可能。粪便排毒已在一些患者中得到证实，少数病例粪便中还发现了活病毒，但根据现有证据，粪-口传播似乎并不是新冠肺炎传播的主要传播方式，其在新冠肺炎病毒传播中的地位和作用仍待明确。
此外，由于新冠肺炎病毒是一种新发现的病原体，人群普遍缺乏免疫力。根据目前在中国观察到的流行病学特征，几乎人人易感，尽管可能存在易感性增加的危险因素，但还需要进一步研究，明确感染后是否具有免疫力。
对于医疗机构、监狱和其他封闭场所发生的疫情，报告中表示“目前还不清楚这些场所和人群在传播中的作用，但似乎并不是疫情扩散的主要驱动因素”。
截至2020年2月20日，全国476家医院报告了2055起医务人员感染新冠肺炎实验室确诊病例，大多数(88%)来自湖北。联合考察组获悉，大多数医务人员感染是发生在武汉疫情暴发早期，当时应对这种新疾病的物资和经验较为缺乏。
此外，流调显示，许多医务人员病例可能是在家庭内而非医院感染的。湖北以外地区的医务人员感染很少见(246例，全国医务人员感染总数2055例)，流调显示大多数病例有家庭确诊病例暴露史。联合考察组还注意到，中国一直非常重视医务人员的感染预防。医务人员监测数据显示，疫情早期感染风险最高，这些信息已经用于修订完善政策，提高医务人员感染防护。
报告中评价道“面对这种前所未知的病毒，中国采取了历史上最勇敢、最灵活、最积极的防控措施”。联合考察组对各省的粗发病率进行了比较，估计中国采取的政府主导的全社会防控措施成功避免或至少预防了全国范围内数十万病例的发生。
同时，报告也称，中国在公共卫生应急反应能力领域还有进一步提升的空间，包括消除阻碍及时开展早期预警和快速应对、短时间内大幅扩容隔离和救治能力、优化医疗机构一线医务人员防护、加强关键优先的科研领域协同合作、促进与国际社会共享关键数据等。
考察组建议，中国在考虑经济活动恢复、旅行限制逐渐解除、学校重新开学带来新出现病例和聚集性病例的风险，应继续维持基于各地风险评估的程度适当的应急管理方案。同时，密切监测，分阶段有序解除限制措施，先复工和返程、然后复学，直至最终取消其他限制措施。
此外，考察组建议，尽快在武汉开展新冠肺炎动物疫源综合性调查，开展集中研究项目，快速确定最有效的诊断和血清学检测方法，测试现有抗病毒药物和各类疫苗载体，中国应该参与多国试验项目。
对于有输入性新冠肺炎病例及/或新冠肺炎疫情暴发国家，考察组则建议立即启动最高级别国家应急处置方案，确保各级政府和全社会采取所有必要的非药物性干预措施，阻断疫情传播，以及立即扩大监测范围，以尽快发现新冠肺炎传播链等。