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1月21日晚，针对近期湖北省武汉市等多个地区发生的新型冠状病毒感染肺炎疫情，交通运输部启动Ⅱ级应急响应并印发紧急通知，要求各单位各部门与卫生健康等部门密切协作，采取切实有效措施，全力以赴做好防控工作，坚决遏制疫情蔓延势头，确保人民群众度过一个安定祥和的新春佳节。通知要求，各单位各部门要在联防联控工作机制下，贯彻属地管理原则，本着“严密防控武汉疫情、稳慎防范外围蔓延、确保春运安全畅通”的工作思路，配合卫生健康等相关部门落实早发现、早报告、早隔离、早治疗和集中救治措施，因地制宜落实交通运输工具和车站、港口客运站等场所通风、消毒和旅客体温检测等要求。
交通部指出，国家铁路局、中国民航局、国家邮政局要根据本行业特点，落实好疫情防控工作。
通知要求，湖北省交通运输主管部门要在省委、省政府统一领导下，做好各项工作。
公路方面，要督促高速公路经营管理单位配合卫生健康等部门在相关服务区设置检疫站，重点加强服务区商业、餐饮等区域污染物的消毒处理。对离汉车辆进行消毒，对离汉人员进行检测，设置临时隔离场所，防治扩散、传播。指导高速公路经营管理单位及时开通应急防疫物资运输“绿色通道”，确保高速公路安全畅通。
在道路及城市客运方面，交通部要求相关部门督促指导汽车客运站配合卫生健康等部门做好离汉旅客体温检测，严厉打击违规站外上客。同时，要指导汽车客运站、道路客运、城市公共汽电车、城市轨道交通经营者做好站场、车辆卫生清洁和通风、消毒工作，加强对市内公共交通工具的“日消毒”和“每班次通风”。出租汽车及网约车、共享单车、物流快递等交通运输新业态企业要积极配合政府部门落实行业疫情防控的主体责任。
各地交通运输管理部门要从严审核进出武汉的省际、市际包车客运标志牌，尽可能减少进出武汉包车，督促省际、市际包车配合卫生健康等部门做好进出武汉旅客体温检测及发热旅客移送工作。港口码头方面，做好客运站消毒、通风和人员体温检测。货运码头要与海事管理机构协作，尽量减少人员流动。船舶在港期间只开放一个受控的上下船(登岸)通道。客船要确保上船人员经体温检测合格，提高通风、消毒频次和覆盖范围。
通知要求，要稳慎防范疫情外围蔓延，确保春运安全畅通。其他发生疫情地方的省级交通运输主管部门要配合卫生健康等部门参照“严控武汉疫情”方式因地制宜采取措施，未发生疫情的省级交通运输主管部门要未雨绸缪，提前做好防控准备。
通知强调，要落实“交通不中断、客流不中断、货流不中断”的要求，确保疫情防控人员及防治药品、器械等急用物资和有关标本、病员运送及时、准确到位。通知要求，各省级交通运输主管部门要做好行业自身的疫情防控工作，在系统内广泛开展爱国卫生运动，加强设施通风、消毒，尤其是做好参与春运管理服务一线人员的防护，为他们提供必要的防护物品，确保一线人员身体健康。
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