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3月15日，东海航空通过官方微信公众号发布《关于对2月20日DZ6297南通-西安航班事件相关人员的处理决定》，当班机长张大庸、当班乘务员杨佳霖给予公司终身停飞处理，并对其涉及违法行为的依法依规处理；公司常务副总裁刘建华，负有公司主要管理责任，免去常务副总裁职务，扣发人民币20000元。
东海航空在公告中表示，东海航空220事件造成了极其恶劣的社会影响，为落实安全责任，深化安全整顿，强化警示教育，经公司研究决定，并报董事会批准，给予相关责任人的处理决定如下：
一、机组成员
（一）当班机长张大庸，严重违反民航法规、行业规章及公司规章制度，给予公司终身停飞处理，并对其涉及违法行为的依法依规处理；
（二）当班3＃乘务员杨佳霖，严重违反民航法规、行业规章及公司规章制度，给予公司终身停飞处理，并对其涉及违法行为的依法依规处理。
二、管理人员
（一）公司领导
1、公司常务副总裁刘建华，负有公司主要管理责任，免去常务副总裁职务，扣发人民币20000元；
2、时任公司运行副总裁李德付，负有公司领导直接责任，免去运行副总裁职务，扣发人民币15000元；
3、公司副总裁陈浩金，负有公司监管责任，免去副总裁职务，扣发人民币10000元；
4、公司副总裁干伟，负有南通基地管理责任，给予警告处分，扣发人民币10000元。
（二）中层管理人员
1、飞行部副总经理（主持工作）周小波，负有部门管理责任，免去副总经理（主持工作）职务，扣发人民币8000元；
2、飞行部副总经理康磊，在公司内部进行通报批评，扣发人民币6000元；
3、飞行部副总经理徐国兵，在公司内部进行通报批评，扣发人民币6000元；
4、飞行部总经理助理耿玉雷，在公司内部进行通报批评，扣发人民币4000元；
5、客舱服务部总经理冯艳玲，负有部门管理责任，免去总经理职务，扣发人民币6000元；
6、客舱服务部副总经理李吉好，在公司内部进行通报批评，扣发人民币5000元；
7、客舱服务部总经理助理叶汪洋，在公司内部进行通报批评，扣发人民币5000元；
8、安全监察部副总经理罗端，负有监管责任，在公司内部进行通报批评，扣发人民币5000元；
9、南通基地副总经理陈晓洪，负有基地管理责任，在公司内部进行通报批评，扣发人民币7000元；
10、南通基地飞行分部副经理宁世杰，负有人员管理责任，在公司内部进行通报批评，扣发人民币5000元；
11、南通基地乘务分部副经理陶岩，负有人员管理责任，在公司内部进行通报批评，扣发人民币3000元。
早在3月7日，因一则“机长与乘务员飞行过程中发生殴打”的消息，深圳东海航空登上微博热搜榜。据民航论坛公号发布，有人爆料称，2月20日，东海航空DZ6297南通兴东-西安咸阳的航班上，机长与乘务员在飞机平飞阶段发生相互殴打行为，冲突发生在落地前50分钟。
当天下午，东海航空在官方微博对此发布回应：针对公司近期机组人员涉及机上纠纷事件，公司高度重视，立即严格进行内部核查，为确保安全运行，涉及人员已第一时间停止工作，公司对由此而产生的不良影响表示诚挚歉意。
3月8日，民航中南地区管理局针对东海航空机组涉嫌空中纠纷事件发布情况通报称，民航中南地区管理局高度重视，调查工作正在进行。待相关情况查明后，将本着实事求是的原则，依法依规对责任单位及责任人员作出相应的处理，安全是民航的生命线，对于任何危及航空安全的行为，民航行业管理部门都将依法严厉惩处。
3月15日，民航局召开新闻发布会，会上也通报了东海航空机组事件，民航局航空安全办公室副主任吴世杰表示，目前民航相关调查基本完成，处罚意见中包括对涉事机长撤销航线运输驾驶员执照权利及商用驾驶员执照权利。
对东海航空的处罚意见包括：对其采取暂停受理新增航线、航班、加班和包机申请以及限制运行总量的处罚措施；对涉事机长撤销航线运输驾驶员执照权利及商用驾驶员执照权利；对涉事乘务员采取相应行政处罚；
此外，要求东海航空按照公司管理制度对当事人及相关管理人员进行严厉追责；民航局和中南地区管理局将依据持续督导检查的情况对相关单位和责任人员进一步严肃问责。吴世杰表示，民航局已成立安全整顿督导组，进驻东海航空全面开展安全督导整顿工作。