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（一）農村環保歷史欠帳太多
廣東省農村歷史形成的污水、垃圾、畜禽及水產養殖污染和化肥、農藥殘留數量巨大，技術問題突出，涉及面廣，仍沒有獲得根本解決。
（二）落後的農業發展模式加快農村環境惡化。
一是養殖業發展模式落後。我省規模化養殖水準偏低，廢棄物處理率低，導致廢棄物大量產生，對當地的水、土壤、大氣產生重要影響。廣東規模化畜禽養殖場的糞便產生量已相當於本地區工業固體廢物的 40％。禽糞便的 COD 總量遠遠超過工業廢水和生活廢水 COD 排放量之總和，但畜禽糞便的無害化處理不足 5%。
二是農藥使用方法落後。目前廣東省農藥平均每畝施用1.8kg，而全國平均每畝施用931.3克，比發達國家高出4倍。
三是化肥、農膜過量使用。廣東省平均每畝農田的化肥施用量達到240公斤，是全國平均水準的一倍。廣東省近年農膜使用量也逐年增加，但使用後農膜85%廢棄，常年累計對當地土壤產生了嚴重的污染。
（三） 生活方式的劇變加快農村環境惡化
一是生活污水的肆意排放。按平均每人每天產生污水77升計算，扣除綜合處理部分，每年廣東省農村和小城鎮向環境無序排放生活污水2億多立方米。
二是生活垃圾的隨意丟棄。廣東省生活垃圾處理率不高，每年直接排放垃圾近2000萬噸。
三是城市化、工業化無序擴張加劇農村和小城鎮生態環境惡化。伴隨著全省產業結構調整和“雙轉移戰略的深入實施，部分地區重污染工業出現從城市向經濟欠發達農村轉移，農村工業化發展的加速對農村飲用水、土壤、農產品安全等多個領域產生影響和威脅，給農村污染防治帶來威脅，給當前嚴重滯後的農村環境監管能力帶來壓力。
（四）環境管理基礎薄弱
一是環境基礎設施建設滯後、財政基礎薄弱、投入不足。目前，農村和小城鎮環保社會服務的覆蓋面和公平性還相當不夠，整體水準與老百姓改善農村環境品質的要求明顯不相適應。目前廣東省有1139個鄉鎮、22105個行政村，每個村治理需要100萬元，計算得出全省共需要財政投入2000多個億，目前的資金投入規模與需求的差距較大。況且據調查顯示，除個別地區外，縣及以下各級政府部門財政收入薄弱，甚至常年出現赤字，尤其是在粵北和兩翼部分山區縣鎮，幾乎剛剛夠甚至不夠滿足政府運行的必要開支，根本沒有條件投入。
二是農村環境保護體制機制缺失。（1）缺乏統一治理農村和小城鎮生態環境的機構。（2）協調機制不強。農村環境保護工作涉及環保、農業、建設、水利、衛生等眾多職責部門，部門之間缺乏協調機制，導致職權部門分工不明確、基層環境管理機構不健全、工作開展缺乏政策與投入保障等問題長期存在。農村生態環境保護與建設任務難以落實，且缺乏必要的引導和鼓勵。（3）法規標準不完善。我國現行的環境保護法律、法規、標準，主要是針對城市、工業點源污染防治制定的，有的法律法規對農村環境保護雖有原則性規定，但針對性和可操作性不強,相關排放標準還存在空白，已經不能有效解決日趨嚴重和複雜的農村環境問題。農村環境保護體制機制亟待創新與突破。
三是各類環保組織不健全。近年來廣東雖然鼓勵各類非政府組織發展，但環保組織發展緩慢，尤其是農村環保組織僅有三家，基金會沒有。四是環境意識差、生態環境惡化。
