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我国中药材种植管理混乱，主要在于管理部门缺位，行业管理和质量监督几乎是空白。中药材源头呈现种源混乱、种质混杂的状态。中药当成了庄稼种，却没有当成庄稼管。
据报道，云南维西县是云当归的主产地，当地农民李铁梅种植150亩当归，所购当归种子不出苗。中药材种子没有质量标准，暴露出我国中药材监管的缺失。
个性化的中药材，如今普遍被当作农作物来种植。浇水、上化肥、打农药，与种庄稼没有两样。我国人工栽培的200多个中药材品种各有自己的生长习性，每个品种对土壤、温度、水分、光照、温差等自然条件要求各不相同。缺乏药材种植技术规范，该掐顶时不掐顶，该剪枝时不剪枝，该采收时不采收，不该采收时乱采收，致使中药材质量下降。“要想富，种中药，在经济利益的驱使下，忽略了中药材的道地性，各地盲目扩种和引种，随意跨地区种植，加上缺少种植经验，往往造成病虫害大量发生，产量低下，品质也会大打折扣。不按时节采摘，不按地域种植，中药药性下降，导致“医准、方对、药不灵，中医或亡于药绝非危言耸听。
中药当成了庄稼种，却没有当成庄稼管。我国在中药材栽培技术上研究薄弱，一些重大药材栽培障碍问题一直没有得到有效解决，如人参、西洋参、三七、地黄的重茬问题。与农作物相比，我国中药材种子种苗尚未形成独立产业，处于一种自产自销的原始生产状态，相当于农作物上世纪五六十年代水平。国内已培育出优良品种并在生产上推广应用的不超过10种，占人工栽培药材总数不足5%。目前我国中药材种子（种苗）品质退化严重。种质资源一直是制约中药材生产的“瓶颈，处于“三无状态：栽培中药材除人参等种子外，大部分没有国家标准；中药材基本没有新品种选育，新品种审定处于空白，没有相应机构或办法；中药材种子（种苗）标准工作涉及的规章制度几乎处于空白。
中药种少是宝，种多了是草。药农与市场之间信息不对称，再加上目前没有规范的中药材种子（种苗）经营渠道，多为农户自产自用或农户之间流通，或由个体商贩经营，质量问题无法保证。特别是药材种植产业散、小、乱，基地县某个单品种的产量甚至满足不了一家企业的需求。全国中药种植品种大约1万多种，但种植面积只有10万亩左右，甚至不如一个烟草品种面积大。中药材种植的“小农经营，无法有效对接中药工业化大生产。
我国中药材种植管理混乱，究其原因，主要在于管理部门缺位，行业管理和质量监督几乎是空白。中药材源头呈现种源混乱、种质混杂的“两混状态。《种子法》偏重粮油果蔬种子管理，对中药材种子的特性考虑不够，至今我国没有中药材种子（种苗）管理条例或办法。现行法规如《药品法》，并未涉及中药材种子（种苗）和新品种。中药材介于农作物与药品之间的边缘地带，各个部门都在管，其实都不管，中药材质量很难保障。
2009年国务院下发《关于扶持和促进中医药事业发展的若干意见》提出：“要保护药用野生动植物资源，加快种质资源库建设“结合农业结构调整，建设道地药材良种繁育体系和中药材种植规范化、规模化生产基地。中医药种植，要尊重自然、顺应自然和保护自然，真正按照中药的天然属性和生长规律，严格采集和种养方法，把中药资源作为战略资源来管理。
中药材的品质决定中成药的质量。希望加强多部门之间的衔接配合，变“九龙治水为“一龙治水，从源头上保证中药的品质。