報道說，執行巴黎至開羅飛行任務前，這架埃航客機在１８日和１９日還執行了多次飛行任務。其間，在從厄立特裏亞首都阿斯馬拉、埃及首都開羅以及突尼斯首都突尼斯起飛後不久，飛機上的警報系統都指示飛機上有反常情況，客機曾３次返航進行技術檢查後再重新起飛。
埃航客機失事原因仍未有定論，法國電視臺M6前日引述消息指，客機墜毀前，主機師舒凱爾曾與開羅航空管制員進行數分鐘通話，提及機艙冒煙，要求把飛機急降，令機艙減壓，從而清除濃煙。
法國民航安全調查分析局發言人２１日證實，埃航ＭＳ８０４客機墜毀前曾自動探測到機艙有煙。雖然僅從這一點並不能判定客機失事的真正原因，但無疑這是迄今有關埃航客機失事原因非常關鍵的一個信息。
法國政府負責交通事務的國務秘書阿蘭·維達利１９日宣佈，法國民航安全調查分析局的３名調查人員和空中客車公司的一名技術顧問將參與調查埃及航空公司ＭＳ８０４航班客機失事事件。
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